广药集团历史可追溯至1600年成立的陈李济  。

1600年，广东南海商人陈体全与经营中草药店的李升佐在广州共同创立陈李济   ，广药集团的历史由此开始   。此后，王老吉、潘高寿、敬修堂、采芝林、何济公等老字号相继创立，并发展成为知名的民族品牌 。

1973年，广州市园林局属下的中草药制药车间停产歇业，白云山农场为解决下乡青年的工作，成立了白云山制药车间，是“广药白云山”的前身  。

1988年，白云山制药总厂成立了白云山企业集团 。

1993年，“白云山A股”在深圳证券交易所挂牌上市，成为第一批上市的医药企业之一  。

1996年，原广州医药总公司将行政职能与企业经营管理职能分开，改制成立了广州医药集团有限公司 。

1997年，广药集团整合属下的中一、陈李济、星群、奇星、敬修堂、潘高寿、羊城(现为王老吉药业)、医药公司、药材公司(现为采芝林药业)、医药进出口公司、盈邦公司、环叶(后与汉方公司合并)等12家企业组建为广州药业股份有限公司，于同年10月21日在香港上市   。

2000年11月,广药集团托管重组白云山集团,除了白云山制药总厂、白云山中药厂、白云山化学制药厂等原有的制药企业外,又注入的侨光、明兴、天心、光华、何济公、和卫生材料厂等6家企业,形成了广药集团以西药制造业为主的优质资源。至此，广药集团成为中国华南地区最大的药品生产基地  。

2001年2月6日，广州药业在沪市A股上市，成为国内第一家A+H股上市的公司  。

2011年，广药集团启动了国内首例涉及沪、深、港三地交易所的上市公司资产重组，于2013年实现整体上市   。

2015年，广药集团按照全面深化国资国企改革的有关精神，启动了非公开发行股票计划，融资近80亿人民币  。

2017年，广药集团工商销售收入突破1000亿元，进入千亿俱乐部  。

2019年12月，广药集团国际总部正式落户澳门。 

2019年广药集团位居中国企业500强第155位、制造业500强排名第61位、中国战略性新兴产业领军企业100强第10位，连续多年在“全国制药工业百强榜”中荣登第1名，是全国最大的制药企业集团  。

2019年，广药集团实现销售收入1330亿元,同比增长15%，利润总额达50亿元,同比增长21%   。广药集团位居中国企业500强第155位，制造业500强排名第61位   ，中国战略性新兴产业领军企业100强第10位   ，并连续九年荣登全国制药工业百强榜第1名 ，入选国务院国资委国企改革“双百企业”名单   。

2021年8月2日，被视为衡量全球大企业发展的权威榜单——2021年《财富》世界500强榜单出炉，广州医药集团有限公司(以下简称“广药集团”)首次上榜，以营收26070.1百万美元排名第468位，成为全球首家以中医药为主业进入世界500强的企业。 

2022年5月，广药集团建成澳门首个GMP标准中药厂。

2022年12月10日，广药集团发布消息称，该集团在澳门建设的广药国际(澳门)青洲制药厂通过了澳门药物监督管理局的审查，取得了中药《药品生产质量管理规范》(GMP)认证，是自澳门《中药药事活动及中成药注册法》实施和澳门药物监督管理局揭牌成立以来，首个通过认证的中药制造企业。 

2023年2月23日，发布治疗鼻咽癌中成药白云山鼻咽清毒颗粒临床研究阶段成果，同时成立鼻咽清毒颗粒科研基金，以支持鼻咽癌领域中成药产品的科研工作。